稅收也是物流公司公司需要背負的另一個沉重負擔。上海貨運公司營業稅、公司所得稅、個人所得稅、印花稅、河道稅，名目繁多，而如果一單貨物要通過幾家公司，甚至一家企業的幾個子公司周轉完成，就會出現重復計稅，多一次周轉就多一稅收。有企業稱光是這種稅收成本就能占到總成本的20%~30%。

      部分物流公司企業就簡單改裝自己的運輸車，改裝之后，上海到延安物流交通執法部門只是簡單罰款，仍舊讓車輛上路。改裝車拉貨多，盈利自然好，于是所有企業都跟風行動。當全這一行業都超限的時候，就積重難返了。

　   在馬增榮看來，更加根本的解決辦法應該是修改中國對運輸車輛的標準設定。他認為，工信部對運輸車輛制定的標準不宜太多太細，應該設定一個標準范圍，在范圍內讓車企主動去開發適合各種運輸需求的車輛。比如車輛的長度也不一定必須前面長12米、后面長8米。當符合運輸需求的車上路的時候，出現超載超限的可能性就小了。

　　對于過路費過橋費這筆占物流公司企業成本的“固定支出”，何黎明呼吁政府應對道路收費站點進行全面的排查清理，撤銷收費期限已經到期、修路資金已經收回的路段，以及非法設立的收費站點，并對處于城市周邊、車流量較大以及收費期限即將到期的路段，希望政府能夠回購使其回歸公益性質。對于其他收費公路， 何黎明希望有關部門能加強監管，降低收費標準。他認為，讓路橋經營企業公開其收入和運營成本、接受社會監督也能起到一定的作用。