2010年9月1日之后上海市營業稅已按差額計征法征收。此次試點將營業稅改為增值稅,將進一步消除營業稅領域重復征稅的現象,并實現貨物與勞務稅收政策的統一。根據此前媒體報道,此次改革將減少上海。 目前對交通運輸行業(公路、水路、航空、管道、裝卸運輸等)適用的營業稅率為3%,對服務業(代理業、倉儲業、租賃業等)適用的營業稅率為5%。由于增值稅是按增值額繳稅,所以如果假設以后運輸類業務按6%增值稅率、倉儲代理等業務按11%增值稅率,則企業可抵免營業額要達到總營業額的50%以上,才可能低于原有稅負。

    我們以81家交通運輸類上市公司2010年財務數據計算,營業稅金及附加占稅前利潤總額的比例平均為11.6%,其中城市交通20.0%、航空17.3%、物流倉儲12.7%、機場11.3%、鐵路運輸11.0%、港口8.3%、公路收費7.5%、航運7.1%。換言之,從極端情況考慮,如果營業稅金及附加全免,則平均可以提高交通運輸類上市公司稅前利潤11.6%,其中城市交通、航空、物流倉儲最受益。

    從現實的角度看,由于經營模式的不同,銷項稅額中可以抵減的進項稅額的比例不一定相同。對于僅從事運輸、倉儲、裝卸中轉的基礎物流企業而言,只能在營業額中扣除設備、及燃料中所含的增值稅。對于綜合物流企業而言,則還可以扣除外包的基礎物流費用。如今上海貨運公司已施行的差額方式計征營業稅的項目中,貨運航空公司可以從貨運收入中扣除支付給航空公司的腹艙費用,物流企業從事運輸倉儲業務獲得的收入可以扣除外包的運費或倉儲費,貨代企業可以從收入中扣除支付給鐵路、海運、航空、公路四大運輸部門的運費、以及支付給港口碼頭、機場、鐵路等有關部門的貨運港務費、貨物中轉費、倉庫費等費用。因此,外包比例高的物流倉儲類公司受益最明確。

    托運方式選擇不當。對于貨主而言，在可以選擇最好托運方式而未選擇，造成運力浪費及費用支出加大的一種不合理運輸。例如，應選擇整車未選擇，反而采取零擔托運，應當直達而選擇了中轉運輸，應當中轉運輸而選擇了直達運輸等都屬于這一類型的不合理運輸。

    上述的各種不合理運輸形式都是在特定條件下表現出來，在進行判斷時必須注意其不合理的前提條件，否則就容易出現判斷的失誤。例如，如果同一種產品，商標不同，價格不同，所發生的對流，不能絕對看成不合理，因為其中存在著市場機制引導的競爭，優勝劣汰，如果強調因為表面的對流而不允許運輸，就會起到保護落后、阻礙競爭甚至助長地區封鎖的作用。類似的例子，在各種不合理運輸形式中都可以舉出一些。

    據了解，“十一五”期間，該區物流業發展取得了長足的進步，呈現貨物運輸物流基礎設施建設成效顯著、重點物流項目建設快速推進和區域內物流企業的培育引進成果頗豐等特點。2010年實現增加值41億元，同步增速15.5%，高于全市平均水平0.5個百分點，占GDP比重7.1%。物流業從業人員人數接近3萬人，占全市比重的4%。今年上半年，該區物流業保持平穩較快增長，實現增加值23億元，增速穩定在15%以上。據統計，截至目前，全區注冊物流企業超過360家，注冊資本達到30億。